就業規則は、法令や労働協約に違反してはなりません（労働基準法第92条）。また、就業規則で定めた基準に達しない労働条件を設定する労働契約は、その部分に関して無効となります（労働基準法第93条、労働契約法第12条）。

業種、業態にかかわらず、また、正社員、パートタイム労働者などの区分なく、下記の要件を満たした全ての労働者に対して、年次有給休暇を与えなければなりません。(労働基準法第39条)
①雇い入れの日から6カ月継続勤務している
②全労働日の8割以上の出勤をしている

有休は労働者の権利であり、確実に取得できますが、会社には時季変更権が与えられています。
時季変更権とは、従業員が申請した年次有給休暇の時期を、会社が変更を求める権利のことです（労働基準法第39条5項）。
特定の日に有給休暇を申請すると、事業の正常な運営が妨げられる場合があります。
このため、時季変更権により「請求された時季に有給休暇を与えることが事業の正常な運営を妨げる場合には、他の時季に変更することができる」とされています。
ただし、退職時には時季変更権を行使することはできず、全ての有給休暇を消化して退職することが可能です。

懲戒解雇や損害賠償を行うには、会社に多大な労力と時間がかかり、その内容を立証する必要があるため、その可能性は極めて低いです。
当組合でも、単に勤務できなかったことに対してそのような対応が取られた事例は一度もありません。
また、一般企業でそのような法的対応が取られることはほとんど聞いたことがありません。
ただし、訴訟に関しては、誰でもいつでも起こすことができるため、非現実的な内容でもそのリスクが完全にゼロになるわけではありません。
常識的に考え、最低限の退職手続きや必要に応じた引き継ぎを行えば、そのリスクはさらに低くなります。